一個(gè)好的棉花品種必須具有多種優(yōu)良的性狀。基因是操縱棉花各種性狀的物質(zhì)基礎(chǔ)，由基因操縱的性狀才是可遺傳的性狀。育種工作的實(shí)質(zhì)，就是通過多種技術(shù)途徑和方法，將完可能多的優(yōu)良基因集中在一起，可以簡單地描述為“制造（發(fā)覺）變異→選擇（穩(wěn)定）變異→鑒定評價(jià)”的過程。

在棉花新品種選育工作中，首先要制定明確合理的育種目標(biāo)，也就是在肯定的自然、培植和經(jīng)濟(jì)條件下，要選育的品種應(yīng)該具有的那些優(yōu)良的特征特性，然后，有目的地去搜集、選擇育種材料，確定有效的育種方法和技術(shù)路線。在制定育種目標(biāo)時(shí)，應(yīng)根據(jù)生產(chǎn)當(dāng)中存在的主要問題和實(shí)際需要的迫切性，抓主要矛盾，攻克主要問題，因?yàn)槿魏我粋€(gè)優(yōu)良品種都有局限性，而且，棉花許多經(jīng)濟(jì)性狀之間是相互矛盾和相互制約的。

棉花育種的技術(shù)途徑和方法比較多，根據(jù)制造變異的方法（或變異來源），可以分為系統(tǒng)育種、雜交育種（包含品種間雜交、遠(yuǎn)緣雜交、回交等）、誘變育種、雜種優(yōu)勢利用等。

其中，系統(tǒng)育種是指在現(xiàn)有推廣種植的品種中，選擇優(yōu)良的變異個(gè)體（單株或單鈴），通過鑒定評價(jià)，培養(yǎng)成新品種的過程和方法。系統(tǒng)育種所利用的變異來源主要有天然雜交、自然突變和剩余變異三個(gè)方面。雜交育種是選擇適合的親本，通過有性雜交，使操縱親本雙方優(yōu)良性狀的基因在F_１群體中結(jié)合為雜合型，在自交分別的后代群體中連續(xù)選擇鑒定，選擇符合育種目標(biāo)的個(gè)體，培養(yǎng)純合穩(wěn)定且符合要求的理想品種的方法。雜交育種選擇變異的來源是基因重組，也就是通過雜交，使雙親或多親的優(yōu)良性狀得以重組、累加，或打破不利基因間的連鎖，制造優(yōu)良變異，增加選擇機(jī)會(huì)，從而育成新品種。雜交育種是目前國內(nèi)外主要的棉花育種途徑和方法。