依據(jù)培植制度需要、纖維品質(zhì)要求、生物學(xué)特性和育種途徑等，可從多個(gè)方面對(duì)棉花品種分類。

按照生育期的長(zhǎng)短，一般將棉花分為早熟品種（黃淮棉區(qū)又稱為短季棉品種或夏棉品種）、中早熟品種、中熟品種和晚熟品種。早熟品種主要用于夏套培植，中早熟品種主要用于春套培植，中熟品種只能用于純春棉培植，晚熟品種生產(chǎn)上很少使用。山東濱海地區(qū)主要適合種植中早熟棉花品種（生育期１２０～１３０天），該地區(qū)短季棉品種可以用于晚春播培植。

依據(jù)抗性目前主要將棉花品種分為感病品種、抗病品種、非抗蟲品種、抗蟲品種和病蟲雙抗品種。山東棉區(qū)棉花的主要病害是枯萎病和黃萎病，當(dāng)前生產(chǎn)上種植的品種一般是抗枯萎病、感黃萎病和抗枯萎病、耐黃萎病品種，既抗枯萎病又抗黃萎病的棉花品種還很少，２０世紀(jì)９０年代以后，又成功地育出轉(zhuǎn)基因抗蟲品種，并在生產(chǎn)上大面積推廣。在抗病和抗蟲性上，一般分為超高抗（免疫）、高抗、抗、耐、感、高感６個(gè)水平，其劃分是在肯定的壓力環(huán)境下，通過和對(duì)比品種的比較鑒定來確定的。根據(jù)棉花品種的其他抗性特點(diǎn)，育種者在品種介紹中有時(shí)將該品種稱之為抗蚜品種、抗旱品種、抗鹽堿品種等，但目前在這些抗性方面還未形成公認(rèn)的鑒定評(píng)價(jià)體系及指標(biāo)。

由于纖維品質(zhì)是棉花重要的經(jīng)濟(jì)性狀之一，可滿足面料工業(yè)不同的紡紗用途，且商品價(jià)值差異較大，所以依據(jù)纖維品質(zhì)對(duì)棉花品種分類越來越重要。一般按照纖維的長(zhǎng)度及其強(qiáng)力和細(xì)度的合理搭配要求將陸地棉棉花品種分為３種類型，即短絨棉品種，HVICC校驗(yàn)水平下（下同），２.５％纖維跨長(zhǎng)２５.５～２７.９毫米，比強(qiáng)度≥２６厘牛／特克斯，馬克隆值４.０～５.３；中絨棉品種，２.５％纖維跨長(zhǎng)２８.０～３０.９毫米，比強(qiáng)度≥３０厘牛／特克斯，馬克隆值３.７～４.９；中長(zhǎng)絨棉品種，２.５％纖維跨長(zhǎng)３１.０～３３.９毫米，比強(qiáng)度≥３４厘牛／特克斯，馬克隆值３.５～４.５。目前山東省推廣種植的主要是中絨棉品種，采取地膜覆蓋等促早培植措施，多數(shù)棉區(qū)也適合種植適紡高支棉花紗線的中長(zhǎng)絨棉品種。

要求完照足、積溫多、無霜期較長(zhǎng)的長(zhǎng)絨海島棉品種，山東及我國(guó)大部分棉區(qū)都不適合種植。

按照品種的選育途徑及其遺傳基礎(chǔ)，一般將棉花品種分為常規(guī)品種和雜交品種（簡(jiǎn)稱雜交種）。常規(guī)品種可以按照原種、一代種、二代種……的體系進(jìn)行生殖生產(chǎn)，雜交種主要是利用具有較高優(yōu)勢(shì)的F_１代雜種，一般情況下F_２代因減產(chǎn)嚴(yán)峻而不提倡在生產(chǎn)上應(yīng)用。

其它，還可以依據(jù)一些主要形態(tài)性狀對(duì)棉花品種進(jìn)行分類，如依據(jù)棉株有無腺體可分為有腺體棉和無腺體棉（又稱低酚棉）品種，依據(jù)棉絮顏色可分為白色棉和彩色棉品種，依據(jù)棉花葉型可分為常葉（鴨掌葉）棉和雞爪葉棉品種，依據(jù)葉片顏色可分為綠葉棉和紅葉棉品種等。