轉(zhuǎn)基因棉花品種是指攜帶人工分別、克隆、構(gòu)建的外源目的基因，并在棉花中高效表達(dá)和穩(wěn)定遺傳的棉花品種。

目前國(guó)內(nèi)外生產(chǎn)上成功應(yīng)用的主要有轉(zhuǎn)基因抗蟲和轉(zhuǎn)基因抗除草劑棉花品種。

目前使用的抗蟲基因主要有兩個(gè)來(lái)源，一個(gè)是來(lái)源于蘇云金芽孢桿菌的Bt（Bacillus thuringiensis）基因，另一類是胰蛋白酶抑制劑基因。Bt基因?qū)[翅目昆蟲有專一殺傷作用，研究表明，轉(zhuǎn)Bt基因抗蟲棉對(duì)棉鈴蟲、紅鈴蟲、玉米螟均有較高的抗性，我國(guó)培養(yǎng)成功并在生產(chǎn)上大面積推廣種植的魯棉研１５號(hào)、１６號(hào)、１７號(hào)、１８號(hào)、１９號(hào)、２０號(hào)、２１號(hào)和２２號(hào)，中棉所２９號(hào)、３０號(hào)、３８號(hào)，GK１２、GK１９等，均是攜帶Bt基因的單價(jià)抗蟲棉品種。胰蛋白酶抑制劑基因的殺蟲效果不如Bt基因，但比Bt的抗蟲譜廣，能毒殺多種鱗翅目和鞘翅目昆蟲，其代表性基因是從豇豆中分別出的胰蛋白酶抑制劑基因CpTI。為了既保持Bt基因的高效殺蟲效果，又提高抗蟲的穩(wěn)定性，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院生物技術(shù)研究所將這兩種抗蟲基因結(jié)合在一起，構(gòu)建了Bt＋CpTI雙價(jià)抗蟲基因，我國(guó)培養(yǎng)成功并在生產(chǎn)上大面積推廣種植的中棉所４１號(hào)、４５號(hào)及SGK３２１等，均是攜帶雙價(jià)基因的抗蟲棉品種。

由于棉田雜草種類繁多，除草劑的應(yīng)用越來(lái)越廣泛，但選擇性除草劑極少，使用不當(dāng)易損傷作物。轉(zhuǎn)入抗除草劑基因，可極大地減輕除草劑對(duì)棉花的損害。常用的抗除草劑基因有抗草甘膦、溴苯腈、磺胺脲類和２，４－D除草劑。

雖然使用抗除草劑的棉花可以減少棉田治理上的用工和機(jī)械投入，節(jié)約生產(chǎn)成本，但大量使用除草劑簡(jiǎn)單造成地下水污染；此外，抗除草劑棉花的使用可能會(huì)使某些雜草滅絕，給生態(tài)平衡和遺傳多樣性帶來(lái)不良后果。